明清時期設水南都。

1931年—1934年設水南區(qū)蘇維埃政府。

1934年水南都改保，設水南、谿南保，為第一區(qū)署駐地，屬桃溪聯(lián)保，1939年屬古鏞鎮(zhèn)。

1950年3月設新南鄉(xiāng)，屬第一區(qū)（城關）。

1952年8月，新南鄉(xiāng)改名水南鄉(xiāng)。

1958年10月，水南鄉(xiāng)改大隊，屬紅星（城關）公社。

1959年12月，設水南綜合農(nóng)場，轄6個管區(qū)。

1970年11月，與城關公社合并為水南公社。

1979年6月，改水南綜合農(nóng)場。

1998年1月，改為水南鎮(zhèn)。