明清時期，上村村隸屬石灣巡司署。

民國時期，隸屬博羅縣第十二區(qū)禮義鄉(xiāng)。

1952年，上村村和水口村合并為上水大隊(duì)，隸屬博羅縣第十區(qū)龍溪人民公社寧和小鄉(xiāng)。

1958年2月，隸屬博羅龍華大鄉(xiāng)。

1958年10月，隸屬長寧人民公社（羅浮山人民公社）。

1959年8月，隸屬鐵場人民公社。

1978年5月，九潭片從鐵場人民公社分出，成立九潭人民公社，上水大隊(duì)隸屬之。

1983年11月后，九潭撤社改區(qū)，上水大隊(duì)改上水鄉(xiāng)，隸屬九潭區(qū)。

1986年1月，九潭撤區(qū)設(shè)鄉(xiāng)，上水鄉(xiāng)分別成立上村管理區(qū)、水口管理區(qū)。

1999年3月，成立九潭鎮(zhèn)上村村民委員會。

2003年12月，九潭撤鎮(zhèn)并入園洲鎮(zhèn)，稱園洲鎮(zhèn)上村村民委員會至今。