春秋戰(zhàn)國時期為楚國封地。

公元140年屬臨沮（高安、遠(yuǎn)安）縣管轄。

元朝屬南鄉(xiāng)。

明屬豐泉里。

清朝時，麻羊河以南屬清溪鋪、木瓜鋪村一帶屬木瓜鋪，花林寺村一帶屬后砦鋪。

1921年屬南鄉(xiāng)，1934年為第二區(qū)，轄11聯(lián)保、31保、316甲，1941年劃為清溪鄉(xiāng)、龍華鄉(xiāng)。

1948年8月6日，遠(yuǎn)安縣解放，設(shè)太平鄉(xiāng)、清溪鄉(xiāng)，屬遠(yuǎn)安縣第一區(qū)管轄。

1950年6月，花林區(qū)域內(nèi)設(shè)12個小鄉(xiāng)，1955年1月，第一區(qū)政府由城關(guān)遷址花林寺，下轄仍為12個小鄉(xiāng)，1956年3月，將石頭店以下的柳林、三橋、清溪、巒峰等地劃歸當(dāng)陽縣。

1956年夏秋，分設(shè)花林鄉(xiāng)、高樓鄉(xiāng)，轄25個高級農(nóng)業(yè)合作社。

1958年9月公社化時為幸福公社，轄花林、高樓、太平、龍鳳四個大隊（管理區(qū)級）。

1961年5月正式成立花林區(qū)公所，轄花林、花園、舊縣、龍泉、高樓、太平、龍鳳七個管理區(qū)、52個大隊。

1975年3月，成立花林人民公社管理委員會，將鳳山、汪家、花園、季家等大隊劃歸城關(guān)鎮(zhèn)管理，將安鹿、高巖、董家、鹿苑、紅巖等大隊劃歸舊縣公社管理。

1981年更名為花林寺人民公社管理委員會。

1984年更名為花林寺區(qū)公所。

1987年撤區(qū)并鄉(xiāng)設(shè)立花林寺鎮(zhèn)。

2003年11月，鎮(zhèn)治由花林寺遷址石頭店。