秦始皇帝二十六年（前221)，設新淦縣，縣治淦陽鎮(zhèn)，隸屬九江郡，新始建國元年（9）新淦縣更名為偶亭縣，隸屬豫章郡。

東漢建武元年（25）偶亭縣復名新淦縣；永元八年（96）析新淦縣、廬陵縣地設石陽縣。

三國時末帝寶鼎二年（67）析新淦縣、石陽縣地設巴邱縣。

隋開皇十年（590）石陽、巴邱并入新淦縣，隸屬吉州。

南唐開元二年（938）新淦縣析崇學，高安縣建安、修高合設清江縣。

元貞元年（1295），新淦縣升為新淦洲。

明洪武二年（1369），新淦洲復名新淦縣；明嘉靖五年（1526），新淦縣析斷金、揚名及善政、太平、上安國的部分地，共28部設置峽江縣。

1914年屬廬陵道；1931年屬南昌區(qū)；1932年屬第二行政區(qū)；1942年，屬第一行政區(qū)。

1949年6月20日，新淦縣人民政府成立，屬南昌區(qū)。

1952年4月屬吉安區(qū)。

1955年屬吉安專區(qū)。

1957年5月，新淦縣更名新干縣。

1968年2月份屬井岡山專區(qū)，1979年7月屬吉安地區(qū)，2000年8月屬地級吉安市。

沿用至今。