明、清時(shí)期屬歸仁鄉(xiāng)。

1911年初屬七區(qū)，后屬姚畈、曹溪兩鄉(xiāng)，又改水巖鄉(xiāng)。

1947年屬大橋鄉(xiāng)。

1950年分屬龍家、姚畈、程橋、洪家等鄉(xiāng)。

1956年并入曹溪鄉(xiāng)。

1957年創(chuàng)建曹溪墾殖場(chǎng)（駐陳屋），1961年墾殖場(chǎng)駐地遷移至通丘畈，更名為三縣嶺墾殖場(chǎng)。

1968年山門嶺墾殖場(chǎng)并入，1980年龍家、姚畈、程橋3大隊(duì)劃入。

1984年三縣嶺墾殖場(chǎng)改鄉(xiāng)建制，仍保留墾殖場(chǎng)牌子。

1985年鄉(xiāng)場(chǎng)分離，設(shè)立三縣嶺鎮(zhèn)鄉(xiāng)（駐通丘畈）。

1992年7月更名姚畈鄉(xiāng)，駐地遷移至姚畈村。

保留三縣嶺墾殖場(chǎng)（鄉(xiāng)場(chǎng)合一）。

1997年8月，三縣嶺墾殖場(chǎng)改制設(shè)立三縣嶺鄉(xiāng)（駐通丘畈），實(shí)行鄉(xiāng)場(chǎng)兩塊牌子、一套人馬。

2001年11月，撤銷姚畈鄉(xiāng)，整建制并入三縣嶺鄉(xiāng)。

2006年1月，撤銷三縣嶺鄉(xiāng)，整建制并入曹溪鎮(zhèn)，保留三縣嶺墾殖場(chǎng)牌子。

2016年9月，在原有墾殖場(chǎng)基礎(chǔ)上增設(shè)鎮(zhèn)政府機(jī)構(gòu)，設(shè)立三縣嶺鎮(zhèn)。

將曹溪鎮(zhèn)的姚畈、陳屋2個(gè)居委會(huì)和龍家、沙灣、程橋、徐門、店上、前畈、瑤上、浪灣、港王等9個(gè)村委會(huì)整建制劃入。