民國二十七年（1938年），偽滿洲國設(shè)立紅旗村，鄉(xiāng)鎮(zhèn)級建制，屬鳳城縣。

民國三十四年（1945年），中共鳳城縣委設(shè)紅旗區(qū)，屬孤山縣。

民國三十五年（1946年），國民黨軍占領(lǐng)鳳城縣，改設(shè)紅旗鄉(xiāng)，鄉(xiāng)下設(shè)保（村級建制）。

民國三十六年（1947年）6月，東北民主聯(lián)軍解放鳳城。

民國三十八年（1949年）6月，撤銷孤山縣，紅旗區(qū)劃歸鳳城縣。

1951年2月，十六區(qū)（紅旗）、十八區(qū)（藍旗）、五區(qū)（白旗）合并為第二區(qū)。

1958年3月，撤銷紅旗區(qū)（第二區(qū)），分設(shè)紅旗、藍旗、楊木3個鄉(xiāng)。

1958年9月，撤銷紅旗、藍旗、楊木3個鄉(xiāng)，組建紅旗公社。

1961年7月，原藍旗鄉(xiāng)、楊木鄉(xiāng)轄地析出另行組建藍旗、楊木公社。

1983年9月，撤銷紅旗公社，設(shè)立紅旗鄉(xiāng)。

1985年8月，撤銷紅旗鄉(xiāng)，設(shè)立紅旗鎮(zhèn)。

2002年3月4日，撤銷玉龍鎮(zhèn)，將原玉龍鎮(zhèn)臺溝村劃入紅旗鎮(zhèn)。