南匯新城成陸于清光緒九年至三十一年（1883-1905）。

宣統(tǒng)三年（1911）設閭，隸屬大團鄉(xiāng)。

1934年設保，先后隸屬南匯縣第八區(qū)中心鄉(xiāng)和泥城鄉(xiāng)。

1949年5月設5個小村，隸屬南匯縣第六鄉(xiāng)鎮(zhèn)聯(lián)合辦事處泥城鄉(xiāng)。

1950-1956年設匯茂鄉(xiāng)，隸屬南匯縣泥城大鄉(xiāng)。

1958年建立果園園藝場，隸屬泥城人民公社。

1966年單獨建置為果園人民公社，隸屬南匯縣。

1984年撤社建果園鄉(xiāng)，隸屬南匯縣。

1993年3月撤銷果園鄉(xiāng)和原蘆潮港鎮(zhèn)建制，建立新的蘆潮港鎮(zhèn)，轄7個村、2個集鎮(zhèn)居民委員會。

2003年開始因洋山深水港建設，全鎮(zhèn)逐步拆遷。

2003年蘆潮港農場并入。

2006年9月14日成立申港街道。

2009年4月原南匯區(qū)整體并入浦東新區(qū)后，隸屬浦東新區(qū)。

2012年8月原蘆潮港鎮(zhèn)和申港街道撤二建一，成立南匯新城鎮(zhèn)。