漢代為疏勒國地，屬西域都護府。

唐代屬疏勒都督府。

清光緒二十八年（1902）屬伽師縣。

1938年，置設置局，從伽師縣劃出阿圖什、阿湖兩莊，疏勒縣劃出上阿圖什莊，歸阿圖什設治局轄，設治局駐買謝提村。

1943年1月1日成立阿圖什縣，歸喀什都督專署所轄。

1952年，又將伽師縣的吐古買提、哈拉峻、格達良三鄉(xiāng)劃歸阿圖什縣，縣機關遷至阿圖什，隸屬喀什專區(qū)。

1954年7月14日，成立克孜勒蘇柯爾克孜自治區(qū)后，歸克孜勒蘇柯爾克孜自治區(qū)管轄。

1955年歸克孜勒蘇柯爾克孜自治州管轄。

1986年10月，撤縣設市。