清乾隆《臨安縣志》載有石門地名。

南宋咸淳間（1265～1274）石門、汪家塢屬臨安縣永寧鄉(xiāng)，明代仍之，清乾隆二十四年（1759）屬高陸一圖。

民國初屬高慶鄉(xiāng)，民國17年（1928）屬高慶區(qū)，民國30年（1941）屬石門鄉(xiāng)，民國34年（1945）屬古城鄉(xiāng)至解放。

1950年為石門鄉(xiāng)石門、汪家塢村，1956年為長樂鄉(xiāng)石門村，1958年為橫畈公社石門、汪家塢生產中隊，1981年為石門公社石門、汪家塢生產大隊，1984年為石門鄉(xiāng)石門、汪家塢村，2001年屬高虹鎮(zhèn)。

2007年村規(guī)模調整，兩村合并為石門村，轄4個自然村。

獲評杭州市級文明村。