原包垟店村解放初為包洋店，系包洋村一部分，與白云、涂山頭、七孔田村均屬白云鄉(xiāng)；1952至1958年均屬包洋鄉(xiāng)。

1958年建立白云、涂山頭生產隊，七孔田和程坑后（又名大田）村合并建立雙田生產隊，包垟店則為包洋生產隊一部分，均屬百丈公社包洋生產大隊；1959年2月起屬百丈公社包洋管理區(qū)；1961年9月起為白云、涂山頭、雙田生產大隊，包垟店則為包洋生產大隊一部分，均屬包洋公社；1981年10月雙田生產大隊更名七孔田生產大隊。

1984年5月分別改為白云、涂山頭、七孔田行政村，包垟店則為包垟村一部分，均屬包垟鄉(xiāng)。

1984年下半年從包垟村析建包垟店村。

1992年重新認定革命老區(qū)，原白云、涂山頭、七孔田3村均被認定為革命老區(qū)村。

2004年，原包垟店、白云、涂山頭、七孔田4村合并組建為新的包垟店村，屬包垟鄉(xiāng)。

2011年4月包垟鄉(xiāng)撤銷，并入百丈鎮(zhèn)。

2016年行政區(qū)劃調整后并入包垟鄉(xiāng)。

一直沿用至今。